应侯宗濂院长邀请，李佩琳于1944年10月前来西北医学院执教，被聘为病理学教授兼主任。
上任伊始，即遇南郑地方法院10月26日向医学院寻求尸检：死者李德明经南郑法院检验明确肾囊右上部有踢伤一处，小腹有踢伤一处，头项心略偏左呈现红色，委系生前受踢伤身死。但被告张式良则具状辩称死者系忽然晕倒在地，当时请医生诊断为脑充血，经强心注射未愈身死，和外伤并不相干。李佩琳教授遂行尸检：锯颅骨、切头皮、移脑质，观察皮下、脑膜、脑质及动脉变化，排除脑动脉瘤。经详细鉴别做出结论：脑表面及脑膜无充血，至于脑内部之充血与否，因尸变之故难于决定，但无出血现象；又关于脑充血一般尸体之头顶心上有无红色改变，在本案因尸变已有过重之颜色改变，不克查寻。唯按学理及西医书籍之记载，可谓因脑充血及脑出血死者之头顶心上不应有红色。
1945年4月，南郑地方法院又求尸检：有一成童去冬“被殴伤右肩甲右脊背及右肋胁等处，致内部受伤归家医治无效延至本年本月十九日晨身死”，以定是否因外伤致死。李教授于21日详尽剖检，向法院出具结论：（1）右侧第六肋骨于后方折断，由此引起（2）右侧全部脓胸（3）右肺萎（4）右肺与胸壁贴连（5）胸右侧前方在对第七肋骨处有脓肿，此脓肿内通胸腔（6）左侧胸前方性腹膜炎已到纤维质性贴着地步。脓胸为主要致死原因，而肋骨折之折断由于外伤，实为脓胸之起因（完结）。两例尸检过程仔细认真，结论客观科学，给法院断案提供了可靠依据。
1945年9月14日，英国著名科学家、中英科学馆馆长、后成为中国古代科技发展史研究泰斗的李约瑟博士及夫人李大斐博士（Dorothy Needham,1896 1987）由曹天钦先生、邱琼云女士陪同来西北医学院进行参观交流并捐赠图书。因李佩琳教授具有良好的英文基础和留学英国的背景，遂经侯宗濂院长邀请担任李约瑟博士访问期间的接待和翻译，在西北医学院的发展史上写下浓重的一笔。
